W XIX w. nastąpił rozwój miasta i regionu za sprawą Staszica i Towarzystwa Rolniczego Hrubieszowskiego. Miasto w 2 poł. XIX w. stało się drugim pod względem liczby mieszkańców ośrodkiem Lubelszczyzny, wyprzedzając pod tym względem Chełm i Zamość. Wzrost liczby mieszkańców nie szedł w parze z rozwojem przemysłowym i urbanistycznym. W większości mieszkali tu Żydzi. W l. 1795-1828 wzniesiono w Hrubieszowie cerkiew greckokatolicką (zamienioną w 1875 na prawosławną, obecnie użytkowaną jako kościół rzymskokatolicki św. Stanisława Kostki). W marcu 1831 r., w czasie wojny polsko-rosyjskiej, pod Hrubieszowem w zasadzkę wpadli kurierzy carscy. Informacje od nich uzyskane i dokumenty przy nich znalezione umożliwiły atak załogi wojskowej Zamościa na wojska rosyjskie zgromadzone pod Uściłowem (obecnie na terenie Ukrainy). W lutym 1863 r. Hrubieszów był przez 6 dni zajęty przez oddział powstańczy pod dow. lekarza z Dubienki Mikołaja Nieczaja i kpt. Oswalda Radziejowskiego. W czasie I wojny światowej miasto zostało poważnie zniszczone, a ewakuacja w 1915 r. ludności prawosławnej spowodowała znaczne zmniejszenie liczby jego mieszkańców. 13-14 sierpnia 1920 r. Bug k. Hrubieszowa został sforsowany przez I Armię Konną pod dow. Siemiona Budionnego (słynnej Konarmii). Komisarzem politycznym Konarmii był wówczas Josif Dżugaszwili, znany później pod pseud. Józef Stalin. Broniły miasta 3 DP Leg. pod dow. gen. L. Berbeckiego i oddziały podporządkowanej polskiemu dowództwu Dywizji Ukraińskiej płk. Marka Bezruczki. W Hrubieszowie przez kilka dni stacjonowało dowództwo bolszewickiej Armii Konnej. Armia ta, uważana dotychczas za niezwyciężoną, została pokonana 31 sierpnia 1920 r. w bitwie pod Komarowem, przez oddziały polskie pod łącznym dow. gen. Stanisława Hallera (2 Dywizja Kawalerii i 13 Dywizja Piechoty).
Przed wybuchem II wojny światowej mieszkało w Hrubieszowie ok. 7500 Żydów. 3-6 września 1920 r. w sąsiedztwie miasta trwały zacięte walki z rozbitą Konarmią, w wyniku których bolszewicy zostali wyparci poza Bug. Po najeździe hitlerowskim na Polskę Hrubieszów 14 września 1939 r. zajęli Niemcy. Po 3 dniach wycofali się na zach., ponieważ zgodnie z pierwotnym porozumieniem pomiędzy Niemcami a ZSRR po wkroczeniu Armii Czerwonej do Polski 17 września 1939 r. Hrubieszów miał znaleźć się w strefie okupacyjnej radzieckiej. Zanim Armia Czerwona zajęła Hrubieszów, 19-23 września powróciły tu oddziały polskie. Wojska radzieckie wkroczyły dopiero 23 września po rozbiciu oddziałów polskich pod Strzyżowem. 26 września żołnierze Armii Czerwonej ograbili i zamordowali ok. 50 zamożnych Żydów. 8 października wkroczyli tu ponownie hitlerowcy. Już w październiku 1939 r. zaczęły się tworzyć w mieście struktury ruchu oporu. Powstała wtedy Tajna Armia Polska, która później przekształciła się w Służbę Zwycięstwu Polski, następnie w Związek Walki Zbrojnej i w końcu w Armię Krajową. W l. 1940-41 hitlerowcy utworzyli w mieście getto dla ok. 10 tys. Żydów z d. powiatu hrubieszowskiego, których następnie wywieźli do obozu zagłady w Sobiborze i do obozu pracy w Budzyniu. Około 500 Żydów rozstrzelali na miejscowym kirkucie. W mieście były dwa obozy pracy, a w 1941 r. także obóz dla jeńców radzieckich. Od 1941 r. datuje się powstanie aktywnych struktur zbrojnych wśród okolicznych chłopów, przekształconych później w BCh.
Zimą 1943 r. hitlerowcy przeprowadzili w rejonie Hrubieszowa akcję przesiedleńczą. W miejsce wysiedlanych Polaków osiedlali się Niemcy, głównie z terenów Wielkopolski. Na przeł. 1943 i 1944 r. w rejonie miasta nasiliły się walki partyzantów polskich z oddziałami UPA. Ucierpiały na tym liczne wsie – polskie niszczone przez Ukraińców i ukraińskie stanowiące w ocenie partyzantów polskich zaplecze dla oddziałów UPA niszczone przez Polaków. Wśród mieszkańców obydwu narodowości było wiele ofiar.
22 lipca 1944 r. Armia Czerwona bez walki zajęła Hrubieszów. W okolicy Hrubieszowa latem 1944 r. dochodziło natomiast do wielu zaciętych starć żołnierzy zarówno Armii Krajowej, jak i Ukraińskiej Powstańczej Armii z wycofującymi się przed frontem oddziałami niemieckimi. Po przejściu frontu w rejonie Hrubieszowa doszło do kilku podstępnych rozbrojeń oddziałów AK, chcących nadal walczyć z Niemcami przez żołnierzy Armii Czerwonej i funkcjonariuszy NKWD. W nocy z 27 na 28 maja 1946 r. miała miejsce wspólna akcja partyzantów organizacji poakowskich i żołnierzy UPA. Polakami dowodził Wacław Dąbrowski pseud. „Azja”, a Ukraińcami Jewhen Sztendera pseud. „Pryrwa”. Efektem ich wkroczenia do miasta było opanowanie siedziby UB i uwolnienie przetrzymywanych tam 20 aresztantów, zdobycie siedziby PPR i zniszczenie przechowywanych tam akt oraz nieudany atak na budynek Komisji Przesiedleńczej. Atakujący ponieśli minimalne straty (2 rannych) i wycofali się z miasta.
W ostatnim okresie o rozwoju miasta decyduje jego przygraniczne położenie. W mieście znajduje się kolejowe przejście graniczne (na tzw. linii hutniczo-siarkowej, szerokotorowej – o rozstawie szyn 1524 mm, zbudowanej w 1977 r.), a w sąsiedztwie drogowe przejście graniczne (Zosin-Uściług).